La science explique(ra) tout, on est d'accord là-dessus aucun soucis.
Par contre, dire qu'aucune donnée de la science ne prouve actuellement la supériorité de l'espèce humaine sur les autres, c'est déplacer le débat. Car finalement, ce débat n'est pas tant scientifique que philosophique. La comparaison avec l'atomisme est intéressante car c'est à la fois une position philosophique et une doctrine physique (sujette à débat depuis qu'on a mis le doigt dans la physique quantique, comme tu le soulignes).
Tu mets en question la position de l'observateur et sa neutralité par rapport au phénomène observé. Comment pourrions-nous être neutres lorsque nous sommes à la fois observateur et objet de l'observation (en tant qu'espèce) ? Le seul cas de figure où c'est plus ou moins possible c'est lorsque l'on parle chiffres (des stat en général). Sauf que sur la question de la supériorité, on a pas de chiffres utiles / pertinents. Donc je ne vois pas comment on peut prétendre à une approche scientifique d'une question telle que celle du spécisme.
Bref, l'antispécisme est selon moi une posture morale et non une démonstration scientifique. Une posture sympathique peut-être (quand elle ne dérive pas à taguer des commerces bien sûr) mais une simple croyance subjective quand même. L'égale considération des intérêts n'est, à ce jour, aucunement prouvée. On peut y croire, bien sûr mais comme on peut croire à la théière de Russel.
Les droits donnés aux êtres vivants ont toujours été arbitraires. En tout cas c'est ce que l'ensemble du rayon Histoire de la bibliothèque nous apprend. Et je crois qu'ils seront toujours arbitraires car l'arbitraire est le fondement même de la vie aka "la vie n'est pas juste".